lundi 4 avril 2022

War in Ukrain: should we scientifically isolate Russia? Interview

 


Background: Events and positions in February and March 2022

The February 24, Russia invaded Ukraine, immediately followed with air attacks. Quickly, the global research community condemned this brutal invasion.

The February 25, the Alliance of Science organizations in Germany which includes the German Research Foundation froze cooperation with the Russian scientific institutions. The Alliance explained the German research funds will no longer benefit to Russia, no joint scientific events will take place and no new collaborations will begin. The same day, in the other side of the world, the Massachusetts Institute of Technology (MIT) in Cambridge decided to end its relationship with the Skolkovo Institute of Science and Technology in Moscow, which it co-founded in 2011. The administration of the MIT declared, “We take it with deep regret because of our great respect for the Russian people”.

The day after, the International Mathematical Union, which awards the Fields Medals (the Nobel Prize for mathematicians), cancelled the four-yearly conference which was scheduled to be held in St Petersburg in July.

Some days later, on 5 March, the European Commission announced the freezing of scientific cooperation with Russia. More precisely, the commission will stop payments to Russian research partners and will review all projects that involve Russian research organizations under Horizon Europe and its predecessor Horizon 2020. Following this decision, several European countries as France, Italy or Netherland froze scientific collaborations with Russia

Opposite to these decisions, several other science organizations refused to stop scientific collaboration with Russia. For instance, on March 1, the International Astronomical Union rejected a petition from Ukrainian astronomers to ban Russian astronomers. In a text, the president of the Union, Debra Elmegreen wrote: “that would definitely be making a political statement, which the IAU cannot do. The IAU was founded right after WW1 in order to bring colleagues together, so we do not wish to drive them apart by deciding whom to support based on what their governments are doing”. In France, the experimental ITER fusion reactor has no plans at present to expel Russia, which is a full member of one of the world’s biggest science collaboration. Laban Coblentz, the ITER’s spokesperson explained “ITER is a child of the Cold War and is deliberately nonaligned”. The CERN has also a difficult position. Historically, the CERN did not expel Russian scientists when the Soviet Union invaded Czechoslovakia in 1968 or Afghanistan in 1979. John Ellis, a theoretical physicist that worked to CERN for 40 years explained “One of the CERN’s mottos is “science for peace””. He pursued: “My personal attitude is that we should really strive to maintain that collaboration, if it’s all politically possible”. CERN Council is walking in a fine line. In a special session on 8 March the representatives voted to suspend Russia’s observer status and barred its representatives from auditing the Council’s deliberations. Nevertheless, they did not expel the thousand Russian scientists working with or to the CERN. Finally, the UK Universities advised its members to review collaborations with Russia on a case-by-case basis.

To complete the picture, I have to mention that the network Scholar at Risk took decisions to help Ukrainian researchers. For instance, the Swiss section of Scholar at Risk decided on March 7 to give 1 million Swiss Franc to help 10 Ukrainian researchers to come in Switzerland and to follow their research.

In Russia and in Ukraine the scientific communities are also moving.

On March 4, the Russian Union of the University rectorates published a text to support the war. They explained that the Russian University have to support the “denazification” and the “demilitarization” of Ukraine. For the closed to six thousands signatories (in date March 18) this war will allow the security of the Russia. In the opposite side of the political chess, Mikhail Gelfan, a Russian bioinformatician at the Skolkovo Institute of Science and Technology in Moscow published a letter the day of the invasion to denounce this war. In this letter, he explained that there is no reason for Russia to invade Ukraine. For him, the Russia is the only responsible of this terrible war and all the death coming. He asked to stop immediately this war and to sign the peace. His text has been signed (in date of March 18 by 8000 people).

In Ukraine the scientific community wrote and shared a petition asking several things to the international scientific community. They asked:

• to block access to all scientometric databases and materials of scientific publishers for citizens and institutions of the Russian Federation;

• to make it impossible for researchers affiliated with institutions and scientific institutions of the Russian Federation to participate in international grant programs funded by the European Union and other partners;

• to suspend participation of researchers, students and institutions from the Russian Federation in current international academic mobility programs;

• to boycott attempts at holding scientific events on the territory of the Russian Federation (in particular, scientific conferences, symposiums, etc.);

• to suspend indexing of scientific materials published in the Russian Federation in all scientometric databases;

• to prohibit citizens of the Russian Federation from being editors/coeditors/reviewers of international publications.

This petition is still turning around the world and the number of signatories is growing every day. Some institutions/organizations already answered. For instance, on March 11, Clarivate, which runs the citation database Web of Science, announced that it will cease all commercial activity in Russia. Before this declaration, Clarivate already suspended the evaluation of any new journals from Russia and Belarus that are seeking to be included in the Web of Science. The Journal of Molecular Structure (IF 3,196) will no longer consider manuscripts written by scientists at Russian. Science and Nature refused. In an edito published on March 10, the direction of Nature wrote: “But Nature, in common with many other journals, will continue to consider manuscripts from researchers anywhere in the world. That is because we think at this time that such a boycott would do more harm than good. It would divide the global research community and restrict the exchange of scholarly knowledge — both of which have the potential to damage the health and well-being of humanity and the planet. The world must keep generating the knowledge needed to deal with this and other crises. The ability to communicate research and scholarship freely across national borders has been foundational to science and international relations — and has endured during some of the world’s worst historical conflicts.”

My introduction is long. But it is mandatory to have a complete background to understand the situation. As you can see, the scientific community is divided regarding the ban of the Russian scientific community.

Today, it is my pleasure to interview Dr Oleksandr Sobol, a Ukrainian researcher at the Polytechnic School of Lausanne and signatory of the Ukrainian petition.

Questions

1/ Dr Sobol, I can easily believe that the situation is highly complicated for you. My first question is simple in a normal situation but probably not here. How are you? How do you feel?

Thank you for asking. I am one of not very big number of Ukrainian scientists who managed to flee the war and are now on a safe territory. Therefore, it is a sin for me to complain about my present situation. Physically, I’m absolutely OK. However, morally it is very difficult to observe this horror which now happens in Ukraine – in the very heart of Europe in XXI century. And it is especially painful for me and all my compatriots abroad because we have a lot of relatives, friends, colleagues, students there, we know many of those places which now are occupied or even destroyed by Russian aggression. Each new day starts for us from reading the digest of news from our Fatherland and calling relatives, any free minute is also devoted to this. Unfortunately, the news are far from being good and only become worse as more and more Ukrainian people lose their homes, workplaces and even lives. Photos and movies showing the consequences of Russian’s invasion indicate that our country deals with an uncivilized, medieval, unscrupulous enemy whose aim is just to destroy Ukraine and its citizens. We see a plenty of evidences for this every day: chaotic shelling and bombing of peaceful cities, killings and violence against civilians in the occupied territories, the use of prohibited weapons, … (just one of the very last examples is the Bucha massacre https://www.youtube.com/watch?v=LC03FYc_ZUA). Of course, we are trying to do our best in order to help Ukrainians: from donations of money for the needs of our armed forces and collecting humanitarian aid to taking part in different manifestations and meetings. But nonetheless sometimes we feel helpless.

2/ Before the war, what were the scientific links between Ukrainian and Russian universities? Did you have, as in the European Union, exchange between students as the Erasmus program? Did you have joint supervision for PhD program?

I know for sure that before 2014 when Russia annexed Ukrainian Crimea and occupied a part of Donetsk and Lugansk regions, there were a lot of scientific links between Ukraine and Russia. Just as an example, in 2013 as part of a group of students from Taras Shevchenko National University of Kyiv I visited Moscow and a town of scientists Chernogolovka (in Moscow region; the Landau Institute for Theoretical Physics is located there) and took part in a workshop on condensed matter physics. Several my groupmates during the bachelor studies decided to enter Russian universities in order to get a master’s and/or PhD degree there. We often invited scientists from Russia to give talks at seminars, conferences held in Ukraine and vice versa. The situation changed in 2014 after first acts of Russian aggression. At that time, however, scientific community remained more or less neutral. Of course, the number of scientific visits significantly decreased but the communication didn’t stop even officially. Again, one example from my own experience. According to the official rules which were valid until 2019 in Ukraine, a person willing to defend a PhD thesis was obliged to send an abstract of their thesis to all major scientific institutions of Ukraine and also to several institutions in Russia. This rule was, of course, an atavism from Soviet times but even in 2018 (when I was defending my PhD) I still had to do so. Moreover, I know for sure that until the day of Russian invasion, February 24, 2022, there was a collaboration between the Physics Faculty of Kyiv National University and the Joint Institute for Nuclear Research in Dubna. This is only one of a big number of such cases. There were a lot of examples of joint supervision of Master’s or PhD programs. E.g., 3 of 10 students in my academic group on the Master’s level were supervised by two scientists, one of which was from Ukraine and another from Russia. After graduation, two of them got their PhD degrees in Russia. In just one department of Skolkovo Institute of Science and Technology there were 6 or 7 researchers from Kyiv. Just after the invasion most of them fled Russia because they were afraid of being arrested.

But now, when Russia showed to the whole world its true face and bombs our cities, our universities which collaborated with Russian institutions in the past, naturally, any collaboration ceased to exist. Although I know that there is a fraction of Russian scientists who don’t support the invasion, their voices do not play any role and are not heard (fortunately to those people) by the Russian government and the majority of Russian people. There is a possibility of personal communication with those people but not an official scientific collaboration. In my opinion, any collaboration (co-supervision of programs, co-authorship of the articles,…) with scientists affiliated with Russia will not be acceptable by Ukrainian scientists for long times in the future. These things which Russians do now in Ukraine cannot be forgotten and cannot be forgiven, such wounds do not heal.

3/ As I summarized, some international institutions/organizations took a quick decision and froze all the link with Russian researchers, some others no. What do you personally think about the decision of the ITER and CERN administrators?

I think these are not the correct decisions. Freezing the links with Russian researchers is a kind of sanctions – scientific sanctions – which must be applied to Russia. Unless the whole civilized world simultaneously applies severe sanctions and makes the vast majority of Russian people to feel the pressure and inconveniences, this war will not finish soon. This is equally true for all kinds of sanctions: economical, scientific, cultural, sportive, touristic etc. This is basically the aim of sanctions – to show to citizens of a certain country that their government is doing something wrong. If the sanctions are not coordinated between different countries and do not cause the total isolation of an aggressor, their efficiency tends to zero. This is like you want to produce a vacuum: for this you need to close all the holes in the vessel and only after that start pumping the air out, otherwise you fail.

That is why I think the world should be consolidated in the question of sanctions. The more severe and comprehensive they are, the less time we will have to wait until they start working and the sooner this war finishes. This is actually the goal and not just to make somebody suffer because they are Russians. (On the contrary, Russians are now making Ukrainian people to suffer just because they are Ukrainians. I would not like anybody to think that I’m asking for the symmetric actions with respect to Russians. Those people are blinded by the Russian propaganda and the civilized world must open their eyes. The only possible way for now are effective sanctions in all spheres of human life.)

4/ In the petition you signed, you asked, I quote, “to prohibit citizens of the Russian Federation from being editors/coeditors/reviewers of international publications”. You never asked to the publishers to ban Russian researchers from the international journals but to ban them from the Editorial Board. Which is not the same. Thus, what do you think about the answer of Nature? Nature is not answering about the Editorial board but regarding the publication…

If there was a line in the petition asking to prohibit Russian citizens from publishing their works in international journals, I would have signed this petition as well. I would sign every petition which is aimed at sanctions against Russia. As I explained above, this is not because I hate all Russians, this is because I believe that otherwise we cannot change the situation.

I would like you to understand me correctly. I know that there are a lot of high-class scientists in Russia whose contribution to science is very valuable. However, if they support aggression (and we know that there are thousands of such scientists in Russia), they should be taught somehow that this is not a right position and the world is not supporting their position. The only civilized way to do so is to apply sanctions. For athletes these should be sportive sanctions (e.g., exclusion from international competitions), for singers these could be cultural sanctions (cancelling their concerts, exclusion their songs from hit-parades etc.), while for scientists only the scientific sanctions could be effective (freezing the collaboration, prohibiting from publishing in international journals, exclusion from editorial boards etc.). Of course, I know that there are a lot of scientists who are against Russian aggression in Ukraine. I strongly respect these people and appreciate their position. However, the western world should not weaken the sanctions only because these people just exist in nature. First of all, all sanctions are temporary. The more effective they are, the less time they last. Second, there are other ways to publish their results, e.g., not associate themselves with Russia in its current form. Finally, if their position is not aligned with that of the Russian government, they are probably in danger in Russia. In such a situation they could flee their country (at least for some time) and continue doing science and publishing their results without any restrictions.

From all that I mentioned above, it follows that I do not support the decision of “Nature”. Exclusion from the editorial board is already a good step but I suspect that this is not sufficient. I hope that those horrible facts of Russian crimes in Ukraine will force all conscientious international institutions to strengthen sanctions, including the scientific ones.

5/ In the petition you asked “to suspend participation of researchers, students and institutions from the Russian Federation in current international academic mobility programs”. Here it is a point I personally disagree. Indeed, it seems that you ask to blame students and the possibility for a Russian student to do his/her PhD elsewhere. Can you please explain this point?

First of all, I’m not the author of this petition and the fact that I signed it does not mean that I support all its statements (however, I indeed support the majority of them). Concerning the academic mobility programs for Russian students my position is the following. Western universities and other scientific institutions which are offering such programs, should ask the applicants from Russia and Belarus (and maybe also from other countries) to prepare one additional personal statement describing their position concerning the Russian aggression acts throughout the world. If students/scientists support Russia in these actions, why should the western world give them education/experience? To allow them to apply this knowledge to invent a new type of weapon? On the other hand, if the applicants do not agree and does not support the policy of Russian government, why not to give them a possibility to apply for academic position abroad. This could be a possibility to them to flee from their country where they are in danger because of the political position.

Therefore, here I would vote for a selective approach in making decisions. If a person shares the right human values like freedom, democracy, the rule of law, then why not to give them the opportunity to use all the possibilities of the civilized world on an equal footing with others?

6/ Do you support the position of professor Mikhail Gelfan? What would you like to tell to him?

Yes, sure. I sincerely support the position of Professor Mikhail Gelfan and strongly appreciate it. I would like to tell him and all the signatories of his letter that I truly admire their bravery to express their position even though it is not aligned with that of Russian government. I would like to wish them to insist on their position, not to give up, to stay safe and believe in better future for their country.

7/ Regarding the Swiss position, do you think that 1 million francs given by the FNS is enough?

It is hard to say now whether this is enough. Most of Ukrainian scientists which were in Ukraine when the invasion started, remained there because of the martial law. However, some part of them fled the country, mostly students and women. There are a lot of other countries in the world that also offered some positions for scientists at risk. The time will show if there is a demand from our scientists to increase the number of positions. If so, then maybe the Swiss government could find some additional funds for support. But still the announced amount already is a significant support for our scientists, this is a helping hand in these hard times for which we are very grateful.

8/ John Ellis said that Science works for peace. You agree with this sentence?

In the time I was a student, I would agree with Professor Ellis. But certainly not now. Indeed, this is the science that gave us everything making our life comfortable, meaningful, safe etc. But we should keep in mind that also all kinds of the most powerful and violent weapons have been created by scientists. If we lived in a highly-developed civilized world where all countries sincerely agreed to keep peace and destroy all weapons (even though the science still could make it possible to recreate them), then I would say that I agree with the statement of John Ellis. But these last weeks we see that our world is still not as civilized as we thought. Still there are some countries with an unpredictable behavior. And the problem is that one of these countries – the Russian Federation – is a nuclear-weapon state. In Russia, the science works not only for peace, that is for sure. This is like a monkey with grenade – the consequences may be catastrophic.

9/ Another point I did not evoke in my background is the biological weapons. On March 10, Vassily Nebenzia, the Russian Ambassador to the United Nation explained that Ukrainian researchers used bat to create bioweapons. What do you want to answer to this Russian propaganda? In France, some citizen believed to this propaganda…

Well, I would prefer not to talk to such odious people as Vasily Nebenzia. He belongs to such a kind of people which lie more often than breath. To be honest, I would be happy if Ukrainian laboratories had such a modern equipment that would allow our scientists to conduct the research at high level (you will not argue that production of biological weapons would require a very high-class equipment). Unfortunately, the present state of Ukrainian experimental science (even before the war) would never allow our scientists to do so. More than 25 years the science was not financed at a sufficient level that is why most laboratories still used the equipment produced in Soviet times. Only in the last 2 years, after the National Research Foundation was created, appeared a hope for the revival of Ukrainian science. The war interrupted this process, unfortunately, for a long time.

And now more concretely. There is no, I mean not even a single evidence for the words of Russian propaganda about Ukrainian bioweapons. But we see the evidences of Russian crimes in Ukraine every day, every hour, every minute. Thousands of our citizens are dead, millions of buildings are destroyed, long-term demographic consequences for Ukraine are also very severe. Due to modern technologies, the whole world can observe the brutality of Russian army in Ukraine in the real-time mode. For this we don’t even need to make up myths about different types of weapons – almost all of them have already been used against Ukrainian citizens. This is an obvious and undeniable fact.

I think the only possible way in which we can fight propaganda is to show people the true facts. Just see the photos in the internet made by independent international journalists in Ukraine, listen to our people (most probably you can find some of them in your area as millions of Ukrainians already fled their country), listen to your government after all.

10/ For this question I am not talking about the institutions but only about the “normal researcher” as me. The researcher without power. Which message do you want to give him? How can he/she help you to fight against this crazy and horrific war?

(Remark: here by “you” I mean not directly you, but any “normal researcher”)

I am also a “normal researcher” like you, like many other researchers in other countries. We cannot do global things like at the level of countries or governments, but nevertheless our input can also be valuable. First of all, I would suggest to operate only with facts and not believe in propaganda (from either side it comes). Formulate your own position in this situation. If you support this mad and horrible war, then better do nothing, the conversation should stop here. But if (most probably) you are against the war, there is a great variety of actions. For instance, you could start from your institution: require your supervisors and high-level management to officially state the position of the institution against the war; express your opinion concerning the scientific collaboration with Russian scientists, enrolling Russian students, supporting Ukrainian scientists/students; initiate the collection of humanitarian aid to Ukrainian people at your institution. Apart from your work, you may join different meetings and manifestations and express your political position to your government. The voice of one person will not be taken into account but it will be if there are a thousand or better a million of such voices stating the same thing: “Stop the Russian aggression! Stop the war!” There are also different ways to support Ukrainian people via your local or international charity organizations. Last, but not the least, just say a few words of compassion and support to Ukrainian refugees which you may meet on your way.

11/ Do you want to add something? Points we did not discuss. You have the place here.

I would loke to thank you very much for paying attention to this very important topic, for your time and for following the situation. It is very important to all Ukrainian people to feel this support from all civilized world. This gives us a feeling that we are not alone in the fight against the Russian aggression. First two weeks of the war, I was in Ukraine and saw by my own eyes how does the war look like. This is when you are awakened by the terrible sound of military airplanes and bomb explosions, when you see how your 82-years old grandmother and your pregnant wife run towards the bomb shelter several times during the day and night, when teachers, doctors and engineers dig trenches and weave camouflage nets, … To be honest, we were far from the hottest points but what we have seen will be forever in our memory. As well as we will remember the bombing of peaceful cities (like our Kharkiv, Irpin, Bucha, Mariupol, Chernihiv,…), murdering peaceful citizens (like the Bucha massacre) and destroying peoples’ lives (like of hundreds of thousands Ukrainians who lost their houses, jobs and relatives). I wish you and all people that now support us to never see the war in your countries.  I wish that such terrible things will never happen again in the future. Let us hope that this war finishes as soon as possible by a victory of democracy and freedom! Thank you once more for a possibility to express my position!

Dr Sobol, I thank you.

Interview pour La Science te parle le 4/04/2022

mardi 29 mars 2022

Introduction à l'expérimentation animale

 



L’expérimentation sur animaux est largement utilisée en recherche biomédicale, en recherche toxicologique (que certains mettent dans la case recherche biomédicale) et en recherche vétérinaire .

Dans ce domaine, deux grandes visions, que je vais très brièvement résumer, s’opposent.

La première est la vision réglementaire et/ou légale et que l’on résume par le sigle des 3R (que mon invité détaillera). Cette vision indique que la dignité des animaux utilisés est respectée par les chercheurs si l’utilisation de son être est justifiée par des intérêts apportés à la société humaine. C’est ce que le droit suisse nomme « la pesée des intérêts ». Dans cette « pesée des intérêts » la loi intègre la notion « d’indispensabilité ». Plus clairement, la législation suisse indique que la recherche peut utiliser un animal si et seulement si la société humaine y trouve un bénéfice (le plus souvent médical ou de sécurité alimentaire) et qu’il n’existe aucune autre alternative pour ces recherches à l’utilisation animale. Cette vision, d’une certaine façon, oppose donc l’animal et l’humain puisque le second utilise le premier pour son intérêt. La limite ici est le modèle animal utilisé. Un mauvais modèle ne permettra pas d’apporter une quelconque réponse à une question scientifique possible et les individus animaux seront utilisés pour rien. Si techniquement la loi devrait vérifier les modèles proposés pour diminuer le nombre d’individus utilisés, dans de nombreux cas, le bénéfice paraît si important que l’on ne pèse nullement l’intérêt du modèle proposé. Je pense notamment aux modèles utilisés en cancérologie

La seconde vision, celle de mon invité mais il la définira bien mieux que moi, indique que l’humain ne doit pas utiliser l’animal à son profit. A tout le moins, ne devrait pas le faire souffrir pour en tirer un quelconque bénéfice. Il n’y a pas ici d’opposition entre l’humain et l’animal. La limite ici est l’expérimentation sur l’humain lui-même. Cette limite a été démontrée lors du vote du 13 février 2022 en Suisse. L’initiative 1 avait en effet pour titre « initiative populaire interdiction de l’expérimentation animale et humaine ». Les porteurs de cette initiative souhaitaient aussi l’interdiction des essais cliniques s’ils ne sont pas effectués dans le cadre d’une médecine dite « personnalisée ». Plus exactement, dans le texte de l’initiative il est écrit que (je cite) « les expérimentations animales et humaines sont intéressantes d’un point de vue marketing ou juridique ; elles sont toutefois trompeuses en ce qui concerne la santé. L’expérimentation humaine ne fournit que de vagues valeurs moyennes. Elle n’offre aucune garantie pour le traitement des individus ». Plus loin, le texte indique que (je cite toujours) : « La protection des animaux et des humains est actuellement insuffisante. Les animaux sont privés de leur liberté, d’un développement normal et de leur intégrité émotionnelle et corporelle. Les humains incapables de donner leur consentement ou mal informés sont eux aussi insuffisamment protégés. Avant une expérience, personne ne peut prédire quels patients en particulier subiront des souffrances ou des dommages psychiques ou physiques ». Mon invité nous dira ce qu’il pense de ce point.

Une troisième vision, ultra-minoritaire, celle d’un biologiste pur, est que toute vie utilise toute vie pour son propre profit. La vie est continue et tout individu se sert d’un autre pour sa survie et la survie de son espèce via l’alimentation, la protection contre le froid, la santé. La limite de cette vision est que tout, même la pire horreur, devient acceptable.

Mais tout n’est pas acceptable et tout doit donc être débattu. Aujourd’hui, avec Nicolas Marty nous vous proposons un débat qui a pour question : « Expérimentation animale en Europe: mieux l'encadrer ou l'interdire? ». Si l’on parle de l’Europe c’est parce que Nicolas est un militant en France et moi un postdoctorant en Suisse. Ce qui va être intéressant ici est que Nicolas maîtrise les lois, leur historique et la philosophie derrière cette expérimentation animale. Moi, en tant qu’utilisateur d’animaux pour mes recherches, la technicité et la méthodologie sur les recherches animales. Ce que j’aime chez Nicolas c’est sa précision et sa restriction à ce qui se passe en France.

Avant de lui laisser la parole, et pour éclairer un peu mon positionnement, je vais vous parler de mes recherches antérieures et actuelles. J’ai débuté ma carrière par un travail sur la mise au point de deux méthodes alternatives à l’utilisation animale. La première pour un organisme public, feu l’Afssaps, devenu l’ANSM après le scandale Médiator. A l’époque, en Europe, on utilisait des lapins pour vérifier la quantité de pyrogénes sur les médicaments disponibles sur le marché. A savoir que les pyrogénes conduisent à des chocs anaphylactiques et donc au décès du patient. Aux USA, ils utilisaient du sang de limule, un crabe. En collaboration avec une équipe à Genéve et une équipe à Berlin, j’ai travaillé sur une méthode de quantification des pyrogénes sur du sang humain. Depuis 2012, cette technique est utilisée en France. Les lapins ne le sont plus. Pour l’industrie pharmaceutique, la compagnie Pierre Fabre, j’ai travaillé sur une méthode de quantification de possibles interactions médicamenteuses. A l’époque, c’est-à-dire avant la mise en place de méthodes de remplacement, on utilisait des chiens. En interne j’ai élaboré une méthode utilisant des cellules de foie humain provenant de donneurs souvent en mort cérébrale. Pendant ma thèse j’ai travaillé sur du tissu humain et là j’ai commencé à vouloir travailler sur animaux. Pourquoi ? Parce que dans le domaine de l’endocrinologie et de la physiologie il y a une certaine frustration de ne pas pouvoir travailler sur un organisme entier. Les questions posées seront plus restrictives de fait et les réponses parfois inexistantes. J’ai donc cherché un post-doc durant lequel je pourrais étudier un organisme entier. Aujourd’hui, je travaille sur rongeurs, depuis 3 ans donc, et comme la plupart des chercheurs je m’interroge sur nos pratiques. Notamment les sacrifices. Je ne vois pas les associations de défense des animaux comme des adversaires mais, au contraire, comme des organisations complémentaires au monde de la recherche. A la condition qu’il y ait une compréhension du monde de la recherche. Et, à la condition de ne pas tomber dans certains extrêmes. Ce qui, à mon sens, est le cas de l’initiative du 13 février. Certains militants ont, lors des débats que nous avons eu sur des marchés, traité les chercheurs de « génocidaires ». La complémentarité me semble difficile à voir en ce cas. Mais les chercheurs ont souvent aussi des mots très durs envers les défenseurs des droits des animaux. Les échanges sont nécessaires. Et Nicolas et moi vous en proposons un aujourd’hui. Ainsi, vous comprenez que pour moi l’expérimentation animale peut-être substituable parfois, nécessaire parfois également. La notion de nécessité sera discutée.

Paul-Emmanuel Vanderriele

mardi 22 mars 2022

Colloque IHU Méditerranée: appel à la jeune garde scientifique!

 


Hier, avec un fort talentueux technicien qui m’aide sur le projet, nous avons passé une dizaine d’heures devant une machine de mesure de tension vasculaire. Une dizaine d’heures ! Simplement pour la mise au point d’un de nos contrôles ! Le soir venu, rentré à la maison, tard ! les enfants qui crient, à nourrir, laver, embrasser et coucher. Et puis un brin de ménage. Il est minuit passé. Le prochain bus est à 6 heures…

Une dizaine d’heures pour un contrôle ! Nous aurions pu légèrement tourner une molette, modifier une image ou que sais-je d’autre ? Au lieu de cette dizaine d’heures nous n’en aurions mis qu’une. Mais nous aurions alors frauder !

Oui, c’est long la science. Le résultat ne vient pas à nous. Nous devons le chercher ! Le débusquer ! Pour peu bien sûr que nous nous soyons préalablement posé les bonnes questions !

Oui, c’est long la science ! Ce résultat débusqué, analysé, décortiqué, mis en parallèle avec celui d’autres équipes nous donne le saint Graal : la publication scientifique ! Cette publication tant méritée ! Ce champagne du chercheur ! Ce diamant brut que l’on ne tire pas de la mine tous les 4 matins…

Oui, c’est long la science ! Mais sans ce temps impératif et irréductible aucun résultat ne peut être reproductible ! Aucun résultat ne peut alors avoir du sens ! Aucun résultat n’est digne d’en être de la recherche !

Il existe mille et une façon de réduire ce temps. Mais quelle que soit celle utilisée, on est dans la fraude.

Si la science c’est croire ce que l’on voit par la méthode, la fraude c’est voir ce que l’on croit ! Éric Zemmour me permettra sans doute de reprendre une partie de son propos et de l’affiner. Lui qui, je cite, « voit ce qu’il croit ».

Si la science c’est valider ou invalider ses hypothèses par des résultats méthodologiquement acquis, la fraude c’est valider ou invalider ses résultats selon qu’ils soient, ou non, en accord avec nos hypothèses. Le plus souvent les hypothèses du chef/directeur. Pour citer le Dr Guy-André Pelouze : « La médecine française est une médecine ou l’opinion de gens nommés à vie prévaut sur les résultats scientifiques, expérimentaux, et en particulier sur les résultats infalsifiables des essais cliniques. Ces personnes ont l’impression d’être dans une situation d’omniscience. Ils affirment des choses et personne ne doit remettre en question leurs propos ». Et c’est bien ce qu’a démontré l’enquête de Médiapart sur le système de fonctionnement de l’IHU Méditerranée.

Bientôt, se tiendra à l’IHU Méditerranée, un colloque de pseudoscience antivaccinale. N’ayons pas peur des mots : l’un de nos fleurons de la recherche biomédicale française bats le pavillon des pseudosciences ! Selon le Dr Laurent Mucchielli, organisateur de ce colloque, je cite, « Ce colloque scientifique réunit uniquement des universitaires qui ne répètent pas les discours officiels ». Comprenons : ce colloque réunit uniquement des universitaires qui luttent par la fraude contre le consensus scientifique ! Autrement dit, pour ces chercheurs et leurs hôtes, la science est devenue une opinion. Banale ! Vulgaire ! Discutable à l’envie !

Un sondage paru ce matin fait froid dans le dos : Plus d'un Français sur deux considère que les théories scientifiques ne sont que « des hypothèses parmi d'autres ». Voilà ou nous en sommes rendu ! Voilà le résultat de la politisation du monde de la recherche ! La boîte de Pandore est ouverte ! Terrible sera la suite !

Et pendant que d’indéboulonnables chef de services ou directeurs d’instituts, devenus plus politiciens que chercheurs, imbues d’eux-mêmes et de leurs propres certitudes, diffusent leurs théories fumeuses, et parfois létales en biomédecine, de jeunes et talentueux chercheurs suent, publient peu et, in fine, abandonnent par manque de bourses. Des centaines, des milliers de talents sont jetés sur les trottoirs aux limites du monde de la recherche comme de vulgaires ordures. Et au-delà du limes, pense-t-on, il n’y a que barbarie ! Et pourtant, la barbarie est bien à l’intérieur, grandissant à l’ombre de cette trahison des tutelles si bien décrite par le professeur Jacques Robert !

Les intervenants de ce colloque seront tels des Staline : regardant leurs vidéos de propagande en se convaincant que c’est la réalité ! Cette propagande, protégée par le monde politique et l’entre-soi marseillais, sera diffusée au public par les réseaux sociaux. Encore une fois, des chercheurs intègres se lèveront contre elle. Mais ils finiront broyés par les insultes et autres menaces de mort. Dans l’indifférences crasse des tutelles ! Dois-je ici leur demander d’agir ? En période d’élections personne ne bougera ! Pourtant la désinformation tue la démocratie ! Mais c’est un péril lent ! Un danger impalpable jusqu’au jour de son explosion !

Dans le monde de la recherche, au moins français, le talent est broyé et jeté. Memento Mori ! Faisons-en sorte que la jeune garde mette fin à ces états de fait ! Le talent fait fierté et donne l’éternité. La fraude est emportée dans la tombe.

Paul-Emmanuel Vanderriele

 

mardi 15 mars 2022

Guerre en Ukraine: la science pour la paix?


Il n’était pas rare que, lorsque le soleil ne se montrait pas timide, je me rendis à pied en centre-ville. Le chemin entre le campus universitaire et la place de la Comédie, fort agréable, permet de découvrir une partie du Montpellier historique. Nous étions l’un de ces jours lorsque je fis abordé par une jeune fille déboussolée. Se tenant devant le CROUS, fermé à cette heure-ci, elle m’interrogea sur les horaires d’ouverture et m’indiqua qu’elle cherchait un logement étudiant. A cette époque-là de l’année sa requête me semblait suffisamment étrange pour que je l’interrogeasse à mon tour. Originaire du centre de la France, mineure et non étudiante, elle était arrivée relativement par hasard à Montpellier quelques heures plus tôt. Je n’en sus pas plus mais assez pour la conduire à un hôtel du centre, lui payer une chambre pour la nuit et lui donner mon numéro. Au cas où. Le cas se présenta dès le lendemain. Et pratiquement tous les jours les mois qui suivirent. Sa vie n’était que drame. Accroc à l’héroïne avant ses quinze ans, elle est mise à la porte par sa mère qui ne la supporte plus. S’en suivra un an de squats crasseux et de viols sur les routes de l’hexagone. Pas encore âgé de dix-sept ans au moment où nos chemins se croisèrent elle n’avait connu de l’amour que la violence animale des hommes. Blessée, le corps mort, mais l’âme vive, elle tentait désespérément de ne pas couler. Tout en elle était douleur. Elle humait l’air, non pour vivre, mais dans l’attente de sentir l’espoir passer. Pour survivre.

 

Au cours de mes études, à cette époque ou le temps ne s’effiloche pas dans nos doigts comme un bas trop longtemps porté, j’ai usé les trottoirs montpelliérains. Pour diverses raisons. Politiques tout d’abord. Humaine par la suite. Des êtres blessés par la vie, de pauvres carcasses humaines essayant de survivre, j’en ai connu. Souvent talentueux, ces humains rejetés, par leurs parents, une famille ou par un employeur, se mourraient sous les yeux clos des passants. Je me souviens de cette vieille femme abandonnée de tous ne pouvant se loger à cause de sa retraite trop maigre. Morte sous le poids de la violence de la rue. Je me souviens cette pianiste géniale, constamment droguée et sans le sous qui nous donnait de magistraux concerts sur ce piano posé pour l’usage de tous à la gare. Je me souviens…Tant d’autres !

 

Cette terrible misère pourtant n’a pas connu l’horreur de la guerre. La guerre c’est pire ! Plus poussiéreux, plus bruyant, plus dangereux ! Si dans la rue on prie pour survivre une nuit de plus, le pari se fait pour une minute dans une guerre ! Plus implacable que la rue, la guerre broie. Des hommes, des femmes, des enfants. De tout âge, de toute condition. Elle broie, ampute, tue, esseule sans état d’âme. Des orphelins, le cœur emplit de stupeur puis de haine naissent à tous les coins de rue. Ils appartiendront à l’Histoire et, plus tard, on leur demandera d’y entrer avec fracas par la vengeance. Pour la grandeur ! Le sang comme gloire ! Quelle triste destinée !

 

Dans cette guerre qui oppose l’Ukraine et la Russie, je pense aux femmes ukrainiennes qui voient, la larme à l’œil et la peur au ventre, leurs maris, leurs enfants, prendre les armes pour défendre leur patrie. Leur résistance est héroïque. Certes ! Mais terrible aussi ! Car cela l’est de tirer sur un autre homme ! Je me souviens de ces mots de feu le résistant Yves Guéna : « se battre pour son pays, ce n’est pas de la violence, c’est de la grandeur ». Terrible sort pour l’Ukraine ! Mais je pense aussi aux femmes russes qui, elles aussi, ont vu leurs maris, leurs enfants partir faire la guerre chez le voisin. Beaucoup ne reviendront pas ! Beaucoup de ces femmes, de ces mères russes finiront leur vie en pleurant ! Quelle misère ! Quelle tragédie !

 

Lorsque l’on use de ce mot : guerre, nous ne devons jamais oublier ce qu’il représente. Sacrifice, sang versé, désespoir, horreur ! Il n’est pas un mot à agiter par plaisir, par délectation, par ennui. Il est un mot sérieux par les ravages qu’il porte en lui.

 

De cette guerre je ne connais rien. Je ne connaissais pas la géopolitique de l’Europe de l’est hier, je ne la connais pas plus aujourd’hui ! Certains sont devenus des spécialistes dans la nuit se forgeant de solides opinions qu’ils brandissent. D’autres, souvent journalistes, nous parlent, la peur faisant vendre, de troisième guerre mondiale. Tant mieux pour eux !

 

Dans ce chaos ambiant, et sans être un pacifiste, loin s’en faut, je souhaite parler de paix ! Dans cette guerre je n’ai ni opinion ni barrière. Deux peuples frères se massacrent. Je ne suis ni pour l’un ni pour l’autre. Et donc pour les deux. Mon étendard à moi est la science. Et la science est pacifique !

 

La science ouvre des ponts entre civilisations par la collaboration des intelligences. Les défis que nous autres humains avons à relever sont nombreux. La science, à l’image de l’évolution créatrice, sait être compétitive et collaborative. La communauté scientifique se doit de promouvoir la paix par la collaboration de ses membres. Des êtres s’interrogeant ensemble et travaillant de concert aux réponses ne peuvent se faire la guerre. La communauté scientifique a donc un rôle nécessaire et impératif à jouer pour que ces deux pays puissent sereinement reprendre le chemin de la paix. Personnellement je vous présenterai des recherches intéressantes effectuées par des équipes des deux pays. La mise en avant de l’intelligence, de la compréhension et de la réflexion couplée à la lutte contre la désinformation, est une façon parmi d’autres de faire taire les armes. Mais, en tant que jeune chercheur, c’est la seule dont je dispose.

Paul-Emmanuel Vanderriele

jeudi 16 décembre 2021

Les origines du sars-cov 2 selon la science

 

Comme sur nombre de sujets concernant cette crise sanitaire, l’origine du sars-cov2 est devenu politique. Ainsi, à cause de ce déplacement du champ scientifique au champ politique et, plus exactement ici au champ géopolitique, la désinformation a pris lieu et place de l’information scientifique. Le 13 janvier 2021, dans la revue Nature1, Angela Rasmussen, de l’université Georgetown de Washington, explique qu’il est impératif de combattre l’immixtion de la politique dans les recherches de santé publiques. Elle indique que le public doit aider les chercheurs dans ce combat pour que les recherches et investigations scientifiques soient neutres et objectives. Elle rappelle entre autre que si l’hypothèse anthropique du sars-cov 2 s’est autant et aussi vite diffusée aux USA, c’est parce qu’elle a d’abord été présentée sur Fox News en février 2020 par le sénateur Tom Cotton et reprise ensuite par Le secrétaire d’état Mike Pompeo, puis par le président lui-même, Donald Trump et enfin par une organisation qui n’a rien de scientifique The Rule of Law Society, dirigé par le célèbre Stephen Banon (que l’on nomme Steve Banon en France). De cela j’en ai parlé en détail dans une précédente vidéo sur le sujet2. Il est intéressant par ailleurs de constater que l’hypothèse d’une origine anthropique du virus commence à largement diffuser au moment même où sont publiés les premiers articles sur son origine. Le 3 février 20203, alors que la Chine déclare 2 794 cas et 80 morts, une équipe de recherche indique dans A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin, que ce nouveau coronavirus transmissible à l’homme présente 79.6% d’homologie de séquence avec le sars-cov (qui devient donc sars-cov1) et 96,2% d’homologie au niveau du génome complet d’un coronavirus de chauve-souris : le dorénavant fameux RATG13. Le 20 février 2020, une autre équipe chinoise qui a aussi isolé le virus du plasma de patient et séquencer le virus publia dans le NEJM des résultats confirmant les précédents4. D’un point de vue scientifique, il est ainsi surprenant que les autorités américaines parlent de virus artificiel alors que la recherche le désigne comme naturel et qu’elle commence à chercher le ou les hôtes intermédiaires. L’une des premières hypothèses d’ailleurs, datant d’avril 2020, largement oubliée depuis, est que le serpent serait l’intermédiaire5.

Dans cette vidéo, ce texte, nous allons explorer les diverses hypothèses et autres interrogations en les traitant dans l’ordre de leur publication ou presque. Mon objectif est de vous montrer ici, sur un sujet qui nous est familier depuis deux ans comment la recherche procède, s’interroge, se corrige, se répond et arrive au final à un consensus clair. Je n’ai pas analysé tous les articles sur le sujet ; on tournerait en boucle. J’ai sélectionné les plus pertinents et pour certains ceux qui ont suscités le plus de commentaires de la part de la communauté académique.

Toutefois, avant de commencer ce fascinant voyage, nous devons nous armer de connaissances sur la structure de la dorénavant fameuse protéine spike. Pour cela, et pour ne pas être influencé par les recherches actuelles sur la pandémie de sars-cov2, je vais me baser sur des articles antérieurs à celle-ci. Pour les plus profanes, je note ici qu’au niveau de sa séquence, une protéine est décrite à trois niveaux différents qui sont trois niveaux structurels. Le niveau primaire ou plan d’une protéine est orientée et possède donc deux pôles que l’on nomme N et C terminal. La protéine spike des coronavirus est composée de trois segments : un large ectodomaine ; à comprendre un domaine externe ; une ancre (anchor en anglais) composée d’un seul domaine transmembranaire et une courte queue intracellulaire. L’ectodomaine est composé d’un domaine de liaison au récepteur (RBD) qui est la sous-unité S1 et d’un domaine de fusion à la membrane qui est la sous-unité S222. Les études par microscopie électronique ont montré que la sous-unité S1 ressemble en structure tertiaire à un trimère en forme de clou de girofle alors que la sous-unité S2 est plutôt filaire. Lors de l’entrés du virus dans la cellule, la sous-unité S1 va ce lier à un récepteur de surface de la cellule hôte permettant d’attacher le virus à la cellule. La sous-unité S2, quant à elle, va permettre une fusion de la membrane du virus avec la membrane cellulaire permettant un relargage du génome viral dans la cellule hôte. Ce mécanisme viral d’attachement et de fusion est critique et est dépendant du virus. Les coronavirus reconnaissent des motifs de récepteurs très hétérogénes23. Par exemple, l’alphacoronavirus HCoV-NL63 et le betacoronavirus sars-cov 1 reconnaissent l’enzyme de conversion de l’angiotensine de type II, la fameuse ACE2. D’autres alphacoronavirus comme TGEV, PEDV ou encore PRCV reconnaissent eux l’aminopeptidase N. D’autres betacoronavirus comme le MERS-Cov ou encore le HKU4 reconnaissent la dipeptidyl peptidase 4 qui est une serine-peptidase22. On constate donc que dans une même famille de coronavirus les motifs de récepteurs reconnus pour l’attachement du virus à la cellule hôte sont très divers. Indication nécessaire ici, les coronavirus sont divisés en quatre grandes familles les Alphacoronavirus, les Betacoronavirus, les Gammacoronavirus, et les Deltacoronavirus ; elles-mêmes subdivisées en clades. Concernant sa fonctionnalité, il a été démontré que pour être active, la protéine Spike doit être clivée par des protéases de la cellule hôte, c’est-à-dire par des ciseaux protéiques de la future cellule infectée, c’est-à-dire qu’il doit y avoir séparation des deux sous-unités8. Mais cette cette protéolyse peut également avoir lieu plus tardivement au niveau du cycle de vie viral. Selon la période les protéases seront de nature diverses. Les proprotéine convertases comme la furine seront utilisées lors de l’encapsulation virale, les protéases extracellulaires comme l’élastase après le relargage du virus dans le milieu extracellulaire, les protéases de surface comme la sérine protéase de type 2 après l’attachement viral à la cellule hôte et, enfin, les protéases lysosomales comme les cathepsine B et L après l’endocytose virale. Il serait fou de rentrer dans tous les détails pour cette vidéo sur l’origine du sars-cov2 mais nous constatons qu’il y a une hétérogénéité dans les récepteurs membranaires reconnus par les spikes des coronavirus et dans les divers types de protéolyses possibles des spikes. Ces quelques éléments démontrent que les coronavirus sont en constante évolution et qu’ils se combinent les uns avec les autres.

Possédant dorénavant ces connaissances sur la spike, débutons notre voyage.

Le 10 février 2020, alors que le professeur Raoult n’avait pas encore doctement expliqué que la covid 19 ferait moins de morts que les accidents de trottinette et était à quinze jours de sonner la fin de partie d’une pandémie qui court toujours deux ans plus tard, des membres de son institut  publièrent un article11 (et, notons le car fait exceptionnel : non co-signé par Professeur Raoult et non publié dans leur feuille de chou), ou ils démontrent, par analyse et comparaison de séquences géniques de la spike protéine de divers virus que le site de clivage à furine présent sur le sars-cov2 est absent chez les coronavirus de la même clade. Ils estiment que ce gain de fonction permettra au sars-cov 2 de se propager plus facilement chez l’humain que les autres coronavirus. Ils font l’hypothèse, mais sans la vérifier, que cette particularité du sars-cov 2 est le fruit d’une évolution convergente entre des coronavirus non apparentés. Cette observation, celle d’un site particulier et spécifique de 12 nucléotides sur la protéine spike du sars-cov2, fut vérifiée par une équipe américaine qui publia ses travaux le 9 mars 202012. Eux, pour arriver à leur conclusion utilisèrent l’élégante méthode de cryo-electron microscopy qui, selon un article paru dans Nature le 10 février 2020, révolutionne la biologie structurale13. Tout comme les marseillais ils estiment que ce site est une cible thérapeutique potentielle. Et cette idée n’est pas nouvelle. En effet, dans un article de 2012, l’équipe du professeur Steinmetzer de l’université allemande Philipps à Marburg, a présenté ses travaux sur la possibilité d’utiliser ce site de clivage à furine9 comme une nouvelle cible thérapeutique pour lutter contre des infections virales. Ils ont étudié l’effet de 28 composés expérimentaux sur l’inhibition du clivage de type de ce site. Nous apprenons ici que ce type de site est relativement courant et présent chez de nombreux virus comme le VIH, Ebola et certaines souches grippales : H5 et H7. On notera déjà une différence entre ce que dit la recherche et ce qui est raconté dans Hold-Up + sur le sujet de ce site de clivage à furine. Je vous laisse voir ma vidéo de l’époque10.

Le 17 mars 2020, alors que la France entre en confinement, est publié dans Nature Medecine un article qui fera date : The proximal origin of the sars-cov221. Il est court. Trois pages. Trois pages seulement mais pour la première fois l’origine anthropique et naturelle du virus sont étudiées.  A ce moment-là, le virus était présent dans 110 pays, on comptait 121 564 cas enregistrés et 4373 décès. On notera pour notre culture générale que le sars-cov 2 est le septième coronavirus qui parvient à infecter l’humain. Avant lui, le sars-cov et le MERS-cov sont mortels alors que le HKU1, le NL63, l’OC43 et le 229E ne provoquent que de légers symptômes. Comme leurs collègues, eux aussi observent ce site de clivage à furine à la jonction des sous-unités S1 et S2. Ils notent aussi un site particulier predicted O-linked glycan permettant une glycosilation post traductionnelle. Ils indiquent qu’il est théoriquement possible que ce virus soit d’origine humaine. Mais pour eux c’est expérimentalement impossible. D’une part, pour obtenir un site polybasique de clivage à furine, et cela est faisable chez des virus de la grippe, il aurait fallu partir d’un virus avec une haute similarité génétique et passer beaucoup de temps à faire des passages cellulaires. Le second argument, et non des moindres, est qu’un tel type de glycosilation ne peut être obtenu que par contact avec un système immunitaire24. C’est-à-dire qu’au sein d’un animal ou d’un humain. Ainsi pour eux, une telle création in vitro est exclue. Ils émettent donc deux hypothèses réalistes. La première est que ce virus provienne directement d’un transfert entre l’animal et l’homme. Le virus serait originaire d’une chauve-souris ou d’un pangolin et aurait été transmis à l’humain après sélection naturelle et maturation. La seconde est qu’un ancêtre du sars-cov 2 circulerait chez l’humain depuis longtemps. Ayant peu d’effets il serait resté sous les radars. Mais évoluant et acquérant ce site de clivage polybasique il serait devenu plus virulent et mortel. Un peu plus tard dans l’année, le 7 juillet 2020, une équipe chinoise va publier une étude25 ou par analyse phylogénétique et modélisation structurelle démontre la possibilité d’une origine naturelle du virus. Pour eux, les coronavirus de pangolin échantillonnés divergent trop du sars cov 2 pour être un ancêtre du virus car il ne peut pas se lier à ACE2. Cependant, un coronavirus du Guadong a un motif de liaison au récepteur identique à celui du sars-cov2. Le RATG13 lui à un domaine de liaison au récepteur différent du sars-cov 2 malgré une très forte homologie au niveau des autres séquences virales. On notera toutefois que le RATG13 peut se lier à ACE2, avec une efficacité moindre que le sars-cov2. Pour eux, il est probable qu’un virus dérivé de RATG-13 se soit recombine avec un virus de pangolin de type SL-CoV GD; obtenant ainsi le motif spécifique du sars-cov 2. Le 27 août 202026, une équipe anglaise utilisant une méthodologie stricte pour l’analyse de la séquence et de la structure du sars-cov2 en arrive à la conclusion d’une recombinaison entre divers types de coronavirus animaux pour expliquer l’appartion du sars-cov 2. Un peu avant, le 12 août 2020 dans l’article Might SARS‐CoV‐2 Have Arisen via Serial Passage through an Animal Host or Cell Culture?6  deux chercheurs américains émettent une hypothèse qui est à la limite entre la thèse d’apparition naturelle et celle d’apparition artificielle. Ces deux généticiens expliquent que ce virus est sans doute le fruit d’un passage en série viral. Ce passage type de passage peut être fait sur des cellules humaines ou animales génétiquement modifiées in vitro ou chez des animaux. Pour eux, le fait que le sars-cov2 soit affin pour ACE2 du pangolin (démontré dans une publication du 14 mai 202027) suffit à démontrer qu’un coronavirus de pangolin ne peut pas être l’ancêtre du sars-cov 2. Je noterai ici que pourtant la découverte de l’équipe du professeur Jinping Chen sur l’affinité du sars-cov2 avec ACE2 du pangolin n’invalide pas la théorie vue précédemment. Ils émettent deux hypothèses sur l’origine du sars-cov 2 en se basant sur deux études en pré-print mais rejeté par les reviewers (sous pression de la Chine nous expliquent doctement ces généticiens américains). Pour en dire un mot, ses études démontraient l’affinité du sars-cov 2 pour l’ACE2 de deux animaux : le furet et le Scandentia, un petit rongeur arboricole. Pour ces auteurs donc, le sars-cov2 a pour ancêtre un coronavirus soit de furet et proviendrait donc d’un élevage intensif soit d’un Scandentia qui est, nous disent-ils, utilisé comme animal de laboratoire en Chine. Il pourrait donc s’agir d’une fuite involontaire d’un laboratoire.

Suivant cette idée d’un probable accident de laboratoire, deux microbiologistes vont mettre le feu aux poudres. Rossana Segreto de l’université autrichienne d’Innsbruck et de Yuri Deigin de la société canadienne Youthereum Genetics, publient le 22 octobre 202016, un article qui va beaucoup faire parler de lui. Si les auteurs admettent volontiers que des virus chimères peuvent apparaître naturellement via recombinaison, ils estiment que le sars-cov 2 a une origine artificielle. Dans leur article ils accusent de manière directe l’institut de virologie de Wuhan de ne pas avoir publié avant la pandémie la séquence génique du parent le plus proche connu du sars-cov 2 : le virus de chauve-souris : RATG13. Autre reproche. L’institut de virologie de Wuhan a démontré qu’une région : la RNA-dependent RNA polymerase est identique chez le sars-cov 2 et RATG13, deux virus qui, rappelons-le partagent 96,2% de séquence génique identique. Les auteurs de l’article ont repris les travaux des chercheurs de Wuhan et ont comparé cette séquence RNA-dependent RNA polymerase du sars-cov 2 avec celle d’un autre virus dont la séquence a été publié en 2016 : le BtCoV/4991. Et là aussi ils trouvent une homologie de 100%. Ainsi, pour les auteurs de l’article, des séquences publiées avant la pandémie c’est le virus BtCoV/4991 qui est le plus proche parent du sars-cov 2 et non le RATG13. Ils accusent l’institut de virologie de Wuhan d’avoir donné des noms différents à ces virus pour entretenir la confusion. On notera ici, que dans un article publié le 21 avril 202117, les auteurs accuseront une fois de plus l’institut de virologie de Wuhan, ainsi que Plos One et Nature, d’avoir publié des résultats différents sur une séquence du receptor binding domain d’un même virus, dentifié, selon eux, sous deux noms différents : MP789 et GD_1. Enfin, ils accusent l’institut de Wuhan d’avoir supprimé leur base de données sur les virus étudiés là-bas. Si vous trouvez la situation confuse et obscure pour des papiers scientifiques peer-reviewés, sachez que la communauté académique la trouve tout autant. D’ailleurs, le premier papier de ces auteurs sur l’origine du sars-cov2 daté d’avril 2020 a été rejeté après la publication du pré-print. Dans celui-ci, intitulé : is considering a genetic-manipulation origin for sars-cov 2 a conspiracy theory that must be censored ?, et je vous donne le lien Research Gate, l’article ne se trouvant plus qu’ici, ils ont conduit une expérience visant à démontrer que le sars-cov 2 est une construction de laboratoire. Je ne jugerai pas ici leur méthode, n’étant pas assez expert, mais le fait qu’un papier ne passe pas la barrière du reviewing, surtout en une période de binge-publishing, ne sent pas bon. Mais revenons à leurs hypothèses de leur papier du 22 octobre 2020. Pour eux, depuis 2018 et la visite d’officiels de l’ambassade américaine à l’institut de virologie de Wuhan, le défaut des protocoles de sécurité de cet institut est un fait avéré. Ainsi, se basant sur ce constat d’officiels américains et sur leur hypothèse que les chinois manipulent génétiquement des coronavirus de chauve-souris et de pangolin et ont utilisé le RATG13 ou le MP789 comme virus de base pour fabriquer le sars-cov 2 via passage successif dans des cellules humaines in vitro, ils estiment que le sars-cov 2 a pu s’échapper d’un laboratoire de l’institut de Wuhan via l’auto-inoculation accidentelle du sars-cov 2 par un chercheur, via la fuite d’un animal d’un laboratoire, via la morsure ou la griffure d’un chercheur par un animal de laboratoire contaminé, via la ventilation des hôtes de l’institut ou via les poubelles de l’institut.

Mais la recherche avance et en fin d’année 2020, deux chercheurs chinois vont publier un article qui démontre l’hypothèse de l’IHU marseillais sur l’origine de ce site de clivage à furine7. Récupérant les séquences des protéines spike de divers coronavirus présentes sur la base InterPro, sur lesquelles ils ont effectué des études phylogénétiques et du modeling moléculaire. Leur étude a montré qu’il est commun pour un betacoronavirus de posséder un site de clivage à furine. Pour la spike S1/S2, le motif de reconnaissance de la furine est présent chez tous les gammacoronavirus et est apparu chez deux clades des alphacoronavirus. Ce site est toutefois différemment positionné chez les betacoronavirus, les alphacoronavirus et les gammacoronavirus. Cela démontre que les betacoronavirus ont transmis ce type de site aux deux autres familles de coronavirus. De même, le site particulier présent chez la protéine spike du sars-cov 2 est retrouvé chez quelques sarbecovirus comme le fameux RATG13. Ce site semble être apparu récemment chez ces sarbecovirus. Ils ont aussi observé qu’un site similaire, mais différemment positionné sur la protéine, était présent chez les merbecovirus et les embecovirus. L’alignement des séquences de ce site chez les embecovirus prouve qu’ils partagent un ancêtre commun. Selon les deux chercheurs, toutes ces observations indiquent une origine naturelle du site de clivage à furine de la protéine spike du sars-cov 2. Cette hypothèse a d’autant plus de poids que le 11 mai 2020, parait une étude d’une équipe sino-australienne 14, montrant que RmYNO2, un virus de chauve-souris apparenté aux coronavirus, et qui partage 93,3% d’identité de séquence, au niveau du génome complet, possède aussi une insertion de plusieurs acides aminés à la liaison des sous-unités S1 et S2 de la protéine spike. Toutefois, à la différence du sars-cov2, RmYNO2 ne peut pas se lier à ACE2. Mais, cette observation, tout comme la précédente, démontre que des insertions nucléotidiques ont régulièrement et naturellement lieu chez les coronavirus.

La fonction de ce site de clivage a furine, dont nous n’avons pas encore discuté, a été plus simple à déterminer. Par exemple, une étude publiée le 21 mai 2020 par une équipe allemande du Leibniz institute15, démontra qu’il est essentiel pour l’infection des cellules pulmonaires humaines.

Comme je l’ai indiqué plutôt, les articles de Rosana Segreto et Yuri Deigin qui rassemblent plus d’accusations que de preuves scientifiques, ont fait parler d’eux et ont reçu des réponses. Sans entrer dans les détails car on s’y perdrait, je vais en mentionner une que je trouve intéressante. Le 23 février 202119, une équipe américano-russe, publie une réponse dans BioEssays, journal qui a publié les articles de la microbiologiste autrichienne. Dans ce papier, les auteurs estiment mathématiquement qu’au vu du fait que le RATG13 et le sars-cov2 différent de 3,8% au niveau de leur séquence protéique, il aurait fallu 15 années, et ce, en mettant en culture des cellules pulmonaires en permanence, pour obtenir le sars-cov2. Or, le RATG13 n’a été découvert et isolé qu’en 2013. Au mieux donc, les chercheurs chinois auraient pu générer le sars-cov2 qu’en 2028. Bien sûr, les auteurs notent que des composés mutagéniques comme le ribavirin ou l’utilisation d’exoribonucléases auraient pu être utilisé pour accélérer le process. Mais en ce cas, le sars-cov2 présenterait plus de mutations par rapport au RATG13. Ils estiment aussi que l’institut de Wuhan n’a pas pu utiliser le virus MP789 de pangolin car si la séquence protéque du receptor binding domain est proche de celle du sars-cov 2, les deux virus présentent une homologie de séquence nucléotidique (au niveau génétique donc) pour cette zone de seulement 86,6%. Là encore le temps manquait donc au chinois. Segreto refuse l’argument d’une sélection naturelle, c’est-à-dire d’une combinaison d’un virus de chauve-souris et de pangolin. Pourtant, et nous l’avons vu précédemment, ce genre de combinaison est fréquente. Qui plus est, le 5 novembre 202020, une équipe internationale menée par le professeur anglais David L Robertson, démontre, en utilisant des méthodes de datations phylogéniques, que le sars-cov 2 n’est pas le fruit d’une recombinaison de sarbecovirus connu mais que sa séquence sur le receptor binding domain, qui pose question aujourd’hui, est en réalité l’ancêtre de celle existant chez certains coronavirus de chauve-souris. Cette idée est intéressante car elle sous-entend que les chauves-souris sont infectés par le lignage qui donnera le sars-cov2 ; un ancêtre au sars-cov2, depuis au moins 1948. Ce résultat est cohérent avec ceux trouvés par l’Institut Pasteur qui le 17 septembre 202128,29 publia un article (encore en pré-print) indiquant avoir trouvé en péninsule indochinoise (au Laos) des coronavirus de chauve-souris possédant le fameux receptor binding domain permettant de se fixer à ACE2 et donc d’entrer dans les cellules de mammifères le possédant. Pour finir sur les travaux de la microbiologiste Segreto, elle a répondu à l’équipe américano-russe en revenant sur son hypothèse de RATG13 comme progéniteur31. Il y a quelques jours Segreto a reçu une nouvelle réponse à son article30. Je vous mets cela en lien pour celles et ceux qui seraient intéressés car je ne souhaite pas entrer dans le détail de ces articles. Enfin, pour enfoncer le clou d’une origine naturelle du sars-cov 2, une équipe italienne a publié une étude mathématico-informatique démontrant l’impossibilité d’avoir utilisé un coronavirus déjà connu comme support pour fabriquer le sars-cov 232.

Après de nombreuses recherche le monde scientifique a tranché et a établi un consensus : le sars-cov2 est d’origine naturelle. Plusieurs hypothèses sur cette origine sont encore à l’étude mais son caractère anthropique est définitivement abandonné. J’espère vous avoir montré avec cette histoire comment procède la recherche. A pas lents, elle travaille à établir un consensus. On confronte nos hypothèses, on se répond, se re-répond. Mais, au final, un consensus émerge. 

Si ce texte/ vidéo vous a plu n’hésitez pas à partager, commenter et, si le cœur vous en dit, vous pouvez laisser un pourboire sur Utip. Cela est important pour nous autres.

Paul-Emmanuel Vanderriele

Sources :

1/ https://www.nature.com/articles/s41591-020-01205-5

2/ https://www.youtube.com/watch?v=__dICeDyu44&t=483s

3/ https://www.nature.com/articles/s41586-020-2012-7

4/ https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/nejmoa2001017

5/ https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/jmv.25682

6/ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7435492/pdf/BIES-9999-2000091.pdf

7/ https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1873506120304165

8/ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3889862/

9/ https://www.jbc.org/article/S0021-9258(20)49727-3/fulltext

10/ https://www.youtube.com/watch?v=EO9KAsd55AA&t=1s

11/ https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0166354220300528?via%3Dihub

12/ https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867420302622

13/ https://www.nature.com/articles/d41586-020-00341-9

14/ https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32416074/

15/ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7194065/

16/ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7744920/

17/ https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/bies.202100137

18/https://www.researchgate.net/publication/340924249_Is_considering_a_genetic-manipulation_origin_for_SARS-CoV-2_a_conspiracy_theory_that_must_be_censored

19/ https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/bies.202000325

20/ https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32724171/

21/ https://www.nature.com/articles/s41591-020-0820-9.pdf

22/ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5457962/pdf/nihms861907.pdf

23/ https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/25428871/

24/ https://academic.oup.com/glycob/article/28/7/443/4951691

25/ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7458444/

26/ https://www.nature.com/articles/s41594-020-0468-7

27/ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7224457/pdf/ppat.1008421.pdf

28/ https://www.researchsquare.com/article/rs-871965/v1

29/ https://www.nature.com/articles/d41586-021-02596-2

30/ https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34697827/

31/ https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34327738/

32/ https://www.europeanreview.org/article/21041

Citizen4Science donne une image erronée du monde de la recherche!

  NB  : Il est possible que ces lignes soient mal interprétées par la faune du net. Je précise donc que l’objectif de ma réponse n’est que ...